EasySAXS 2.2

Erweiterte SAXS-Datenanalysesoftware

EasySAXS ist ein fortschrittliches, anwenderfreundliches Softwarepaket zur Analyse von SAXS-Daten (Small-Angle X-Ray Scattering - Kleinwinkel-Röntgenstreuung). Sie liefert Informationen über nanoskalige Strukturen und Dimensionen, Formen und Oberflächen. Die Software unterstützt auch die Analyse von Daten aus der Ultrakleinwinkel-Röntgenstreuung (USAXS).

EasySAXS bietet eine umfassende Datenanalyse-Toolbox, Automatisierungsoptionen und Reporting. Die Benutzerschnittstelle ermöglicht einen bequemen Zugang zu allen Funktionalitäten und Parametereinstellungen. Dazu gehören Datenreduktion, Guinier- und Porod-Analysen, Bestimmung der Partikel- und Porengrößenverteilung, Berechnung der Paar-Abstandsverteilungsfunktion p(r), Anpassung der kleinsten Quadrate und Modellsimulationen.

EasySAXS wird mit einem Quick Start Guide, einer detaillierten Hilfefunktion mit Schritt-für-Schritt-Anweisungen und Beispieldaten für Übungen ausgeliefert. Es ist sowohl für SAXS-Experten als auch für Anfänger geeignet.

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Funktionen

Anwenderfreundlichkeit

Die grafische Benutzeroberfläche von EasySAXS ermöglicht einen besonders einfachen und effizienten Zugriff auf alle Softwarefunktionen und Parametereinstellungen. Experimentelle SAXS-Daten und Analyseergebnisse werden in zwei Grafikfenstern angezeigt. 

Die Daten können auf verschiedene Weise angezeigt werden, z. B. mit Lin/Log- oder Log/Log-Skalen oder in einem Guinier-, Porod- oder Kratky-Plot. Ein Meldungsfenster informiert über den Fortschritt der Berechnungen und zeigt bei Bedarf Hinweise und Warnungen an.

Alle Datenanalyseschritte, einschließlich aller Details, können in einer Projektdatei gespeichert werden. So können Sie Ihre Analyse zu einem späteren Zeitpunkt fortsetzen oder Ihr Analyseschema mit anderen teilen. Alle Daten können zur weiteren Verarbeitung exportiert oder auf Wunsch mit einer anderen Software angezeigt werden.

Optionen für die SAXS-Datenanalyse

Die EasySAXS-Software enthält eine umfassende Toolbox, die alle Schritte der SAXS-Datenanalyse unterstützt.

  • Primäre Datenbehandlung, wie z. B. Subtraktion im Hintergrund und Desmearing
  • Trägheitsradius durch Guinier-Analyse
  • Nanopartikelgrößenverteilung
  • Analyse der Partikelform durch paarweise Verteilung der Funktion
  • Oberfläche durch Porod-Analyse
  • Streuungsinvariante und Porodvolumen
  • Modellanpassung und Simulationen für verschiedene Partikelformen und -strukturen
  • USAXS-Datenanalyse

Die Analyseparameter können bequem im Bereich „Object Inspection“ (Objektprüfung) der Software eingestellt werden.

Die Daten können für eine weitergehende Analyse mit öffentlich verfügbaren SAXS-Softwarepaketen wie ATSAS, Irena und SASfit exportiert werden.

Automatisierung und Berichterstellung 

Anfänger und weniger erfahrene Benutzer können mit dem automatischen Modus von EasySAXS schnell loslegen. Es ermöglicht die automatische Analyse der Partikel- und Porengrößenverteilung aus mehreren Datendateien durch Anwendung von Analysevorlagen, die vordefinierte Parametereinstellungen enthalten. Die Ergebnisse werden dann in anpassbaren Analyseberichten zusammengefasst und als ASCII-Dateien exportiert.

EasySAXS enthält eine Vielzahl von Analysevorlagen, die für verschiedene Probentypen geeignet sind. Benutzer können auch eigene Vorlagen für bestimmte Beispiele erstellen.

Hilfesystem 

EasySAXS enthält ein umfassendes, kontextsensitives Hilfesystem. Es enthält Schritt-für-Schritt-Anleitungen für alle Aufgaben, Parameterbeschreibungen, theoretische Hintergrundinformationen, Verweise auf die wissenschaftliche Literatur sowie einige fertige Beispiele. Eine zusätzliche Kurzanleitung hilft Ihnen, das Nutzungskonzept der Software im automatischen und interaktiven Modus zu erkunden.

Zusammenarbeit mit Wissenschaftlern von Weltrang am EMBL 

Einige der in EasySAXS verwendeten Algorithmen basieren auf Codes aus der renommierten ATSAS-Software-Suite, die Dr. Dmitri Svergun und sein Team am European Molecular Biology Laboratory (EMBL) in Hamburg entwickelt haben. Hierzu gehören Analysen der Paarabstandsverteilungsfunktion und der Partikelgrößenverteilung mittels indirekter Fourier-Transformationsberechnungen. 

ATSAS ist ein beliebtes Programmpaket zur Analyse von kleinwinkeligen Streudaten aus biologischen Makromolekülen. Experimentelle SAXS-Daten, die mit ScatterX78 aus verdünnten Proteinlösungen gewonnen wurden, können mit EasySAXS vorverarbeitet und anschließend zur weiteren detaillierten Analyse, z. B. zur Rekonstruktion der ab-initio-Proteinform, in ATSAS exportiert werden.

Technische Daten

Das Gesamtpaket

Das EasySAXS Paket enthält eine Kurzanleitung sowie eine detaillierte elektronische Hilfefunktion. Es enthält auch Analysevorlagen zur automatischen Batch-Verarbeitung von experimentellen Daten und Beispieldateien zur Durchführung von Übungen. EasySAXS läuft unter Windows 7, Windows 8.1 (64bit) und Windows 10 (64 Bit). 

Aktuelle Version: 2.2