EasySAXS 2.2

Logiciel avancé d'analyse de données SAXS

Le logiciel EasySAXS est un programme avancé et convivial pour l'analyse des données SAXS (Small-Angle X-ray Scattering, ou diffusion de rayons X à petit angle). Il fournit des informations sur les structures et les dimensions à l'échelle nanométrique, les formes des nanoparticules et les surfaces. Le logiciel prend également en charge l'analyse des données de diffusion de rayons X à ultra-petit angle (USAXS).

EasySAXS offre une boîte à outils complète d'analyse de données, des options d'automatisation et des rapports. L'interface utilisateur permet d'accéder facilement à toutes les fonctionnalités et à tous les paramètres. Il s'agit notamment de la réduction des données, des analyses Guinier et Porod, de la détermination de la distribution des particules et des pores, du calcul de la fonction de distribution de distance de paire p(r), de l'ajustement des moindres carrés et des simulations de modèles.

EasySAXS est fourni avec un guide de démarrage rapide, une fonction d'aide détaillée avec des instructions par étape et des exemples de données pour les exercices. Il convient à la fois aux experts SAXS et aux débutants.

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Fonctionnalités

Facilité d'utilisation

L'interface utilisateur graphique d'EasySAXS offre un accès particulièrement simple et efficace à toutes les fonctionnalités logicielles et à tous les réglages de paramètres. Les données expérimentales SAXS et les résultats de l'analyse sont affichés dans deux volets graphiques. 

Les données peuvent être affichées de différentes manières, par exemple à l'aide d'échelles lin/log ou log/log, ou dans un tracé Guinier, Porod ou Kratky. Un volet de messages informe de la progression des calculs et affiche des conseils et des avertissements, le cas échéant.

Toutes les étapes d'analyse des données, y compris tous les détails, peuvent être stockées dans un fichier de projet. Cela permet de reprendre votre analyse ultérieurement ou de partager votre schéma d'analyse avec d'autres personnes. Toutes les données peuvent être exportées pour être traitées ou affichées avec un autre logiciel, si nécessaire.

Options d'analyse de données SAXS

Le logiciel EasySAXS contient une boîte à outils complète qui prend en charge l'ensemble de la chaîne d'analyse des données SAXS.

  • Traitement des données principales, telles que la soustraction et la suppression de bruit de fond
  • Rayon de giration par analyse Guinier
  • Distribution de la taille des nanoparticules
  • Analyse de la fonction de distribution de la forme des particules par paire
  • Surface par analyse Porod
  • Invariant de diffusion et volume Porod
  • Ajustement de modèles et simulations pour diverses formes et structures de particules
  • Analyse des données USAXS

Les paramètres d'analyse peuvent être définis facilement dans le volet d'inspection d'objet du logiciel.

Les données peuvent être exportées pour une analyse plus approfondie avec des logiciels SAXS publiquement disponibles tels que ATSAS, Irena et SASfit.

Automatisation et création de rapports 

Les débutants et les utilisateurs moins expérimentés peuvent démarrer rapidement en utilisant le mode automatique d'EasySAXS. Il permet l'analyse automatisée de la distribution des particules et des tailles de pores de plusieurs fichiers de données en appliquant des modèles d'analyse contenant des paramètres prédéfinis. Les résultats sont ensuite résumés dans des rapports d'analyse personnalisables et exportés sous forme de fichiers ASCII.

Une variété de modèles d'analyse, applicables à différents types d'échantillons, sont fournis avec EasySAXS. Les utilisateurs peuvent également créer leurs propres modèles pour des échantillons spécifiques.

Système d'aide 

EasySAXS contient un système d'aide complet et contextuel. Il comprend des instructions étape par étape pour toutes les tâches, des descriptions de paramètres, des informations théoriques de base, des références à la littérature scientifique, ainsi que quelques exemples travaillés. Un guide de démarrage rapide supplémentaire vous aide à explorer le concept d'utilisation du logiciel en modes automatique et interactif.

Une collaboration avec des scientifiques de classe mondiale à l'EMBL 

Certains des algorithmes utilisés dans EasySAXS sont basés sur des codes de la suite logicielle renommée ATSAS, développée par le Dr Dmitri Svergun et son équipe au Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) à Hambourg, en Allemagne. Il s'agit notamment de la fonction de distribution de distance de paire et des analyses de distribution de tailles de particule activées par des calculs indirects de transformation de Fourier. 

ATSAS est une suite de programmes populaire pour l'analyse de données de diffusion à petit angle à partir de macromolécules biologiques. Les données SAXS expérimentales acquises avec ScatterX78 à partir de solutions de protéines diluées peuvent être prétraitées avec EasySAXS, puis exportées vers ATSAS pour une analyse plus approfondie, par exemple la reconstruction de la forme des protéines ab initio.

Spécifications

Le pack complet

Le pack EasySAXS comprend un guide de démarrage rapide ainsi qu'une fonction d'aide électronique détaillée. Il contient également des modèles d'analyse pour le traitement automatique par lots de données expérimentales et des fichiers d'exemple pour l'exécution d'exercices. EasySAXS fonctionne sous Windows 7, Windows 8,1 (64 bits) et Windows 10 (64 bits). 

Version actuelle : 2,2